Il est dirigé par un Président et des vice-présidents élus au sein du Conseil du CRPMEM. Ce dernier est représentatif de l’ensemble des acteurs impliqués dans la gestion de la pêche maritime et des élevages marins. Il comprend à la fois des chefs d’entreprises de pêche, des représentants d’équipage et salariés ainsi que des porte-paroles de coopératives maritimes et d’organisation de producteurs. C’est lui qui a pour rôle de définir la politique et les actions du comité.